ऋषियों ने शनैः शनैः आत्मा का भी पता लगा लिया था तथा यह भी मालूम कर लिया था कि आत्मा अजर और अमर है तथा यह बार-बार किसी न किसी शरीर में प्रविष्ट होकर उसे जीवित कर देती है। ये ऋषि परमात्मा, विष्णु शिव या रुद्र आदि के बारे में भी अधिक-अधिक जानने का प्रयास करने लगे थे और ऋषि भौतिक देवताओं से आध्यात्मिक देवताओं की तरफ जा रहे थे। ऋषिगण केवल काल्पनिक बातें नहीं कर रहे थे, वे वास्तव में वैज्ञानिक खोजें कर रहे थे। यह बात दूसरी है कि उनकी खोज करने के तरीके भिन्न थे।